首先，数字PCR虽然能够提供极高的检测精度和定量准确性，但它并不适合大规模样本处理。与传统的实时荧光定量PCR相比，数字PCR的操作流程更为复杂且耗时较长，这使得它在面对海量样本筛查时显得力不从心。例如，在流行病学调查中，当需要快速对成千上万个样本进行初步筛选时，数字PCR可能并非最佳选择。

其次，尽管数字PCR具有较高的灵敏度，但在某些特定场景下，它的检测范围仍然存在一定的限制。比如，在痕量DNA或RNA检测领域，虽然数字PCR可以有效区分低丰度目标分子，但对于极其微量的目标物，其检测效率可能会受到仪器分辨率的制约。此外，对于那些容易降解或污染的样本，数字PCR也难以保证始终如一的高敏感性表现。

再者，数字PCR的成本问题也是不容忽视的一个方面。由于该技术依赖于昂贵的设备以及复杂的实验设计，因此其运行成本往往高于常规PCR方法。这对于资源有限的研究机构或者医疗机构来说，无疑增加了经济负担。特别是在一些发展中国家和地区，普及推广数字PCR技术面临诸多挑战。

最后但同样重要的是，数字PCR的应用还受限于其对操作人员专业技能的要求较高。这项技术不仅需要使用者具备扎实的专业知识背景，还需要经过专门培训才能熟练掌握相关操作技巧。因此，在实际应用过程中，如何培养足够数量的专业人才也成为了一个亟待解决的问题。

综上所述，“数字PCR的优点不包括”主要体现在以下几个方面：不适合大规模样本处理、检测范围存在一定局限性、成本偏高以及对操作人员技能要求较高等。这些因素共同构成了数字PCR技术当前发展阶段中的主要短板。然而，随着科学技术不断进步及相关配套设施逐步完善，相信这些问题在未来都将得到妥善解决，从而使数字PCR真正成为生命科学研究与医疗健康领域不可或缺的重要工具之一。